Если говорить вкратце, то первый сюжет должен был повествовать нам о модифицированном солдате, который преданно служит своей корпорации, но в какой-то момент он обнаруживает, что компания долгие годы обманывала его. Перед главным героем стоит выбор, либо преследовать корпорацию правомерно, или же бесстрашно и кроваво положить ей конец. Но внезапно выбор склоняется к последнему варианту, ведь жизни его жены угрожает та же корпорация, что и использовала нашего подопечного.
Второй основной сюжет, который был разработан сразу после выхода первой части Deus Ex, фокусируется на таинственной катастрофе, в ходе которой были уничтожены абсолютно все глобальные коммуникации, что собственно и породило невероятный хаос во всём мире. Игрок должен был выяснить причину разрушений и решить проблемы своей сестры, которая связалась всё с теми же корпорациями.
Недавно, создатель Уоррен Спектор подтвердил реальность и правдивость документов, а также был очень рад, что вместо всех этих концепций была создана игра Deus Ex: Human Revolution. «У нас было множество идей, которые планировали как дальнейшие продолжения игры, так и огромное количество побочных проектов, происходящих во вселенной Deus Ex», сказал он. «Они все были потеряны сразу после расформирования Ion Storm Austin. На самом деле, я счастлив, что Square/Eidos вернули жизнь франшизе столько лет спустя. По правде говоря, это невероятно интересно – возвращаться в знакомый мир в качестве простого игрока, а не человека, знающего абсолютно все секреты!»
